肺泡蛋白沉着症的轻症者可延缓治疗时间，但必须密切观察，有明显咯血或呼吸困难的患者通常在结合临床表现及血常规检查、血生化检查、X线表现、痰液检查、胸部CT检查等措施确定患者病程及现状，然后根据患者的病情治疗方法有如下几种：
一、药物治疗
轻症患者可根据病情遵医嘱服用碘化钾，主要是溶解粘液；用雾化治疗也可以，都是促进吸收。但是这两种方法的弊端就是见效慢。
二、全肺灌洗
这是肺泡蛋白沉着症的首选治疗方法，当患者感到稍微运动就呼吸不畅时，此方法可以及时改善患者的呼吸困难、降低肺泡内巨噬细胞的活跃度。
全肺灌洗时，患者要进行全身麻醉，对于医生来说需要有一定的经验才行。
三、经纤维支气管镜分段支气管肺泡灌洗
选择这种方法灌洗比较安全，效果也不错，只是在操作时要特别注意无菌操作，过程中可以鼓励患者将液体咳出体外，灌洗液一般是无菌盐水。
四、基因治疗
有资料显示肺泡担保沉着症可能跟基因有某种联系，因此有专家曾在动物身上实验，发现基因治疗有望成功，但要投入临床还有待时日。
每个患肺泡蛋白沉着症的人的临床表现不一，所以治疗方法也不一样，临床上主要还是以减少患者明显症状为主，患者在治疗后要注意提高免疫力，卧床休息。由于肺泡蛋白沉着症的部分患者在全肺灌洗后还可以再次复发，作为家属就需要多加关心患者平时的健康状况和心理变化。
