秦汉时期药膳有了进一步发展。东汉末年成书的《神农本草经》集前人的研究载药365种，其中大枣、人参、枸杞、五味子、地黄、薏苡仁、茯苓、沙参、生姜、葱白、当归、贝母、杏仁、乌梅、鹿茸、核桃、莲子、蜂蜜、龙眼、百合、附子等，都是具有药性的食物，常作为配制药膳的原料。
汉代名医张仲景的《伤寒杂病论》、《金匮要略方论》进一步发展了中医理论，在治疗上除了用药还采用了大量的饮食调养方法来配合，如白虎汤、桃花汤、竹叶石膏汤、瓜蒂散、十枣汤、百合鸡子黄汤、当归生姜羊肉汤、甘麦大枣汤等。
在食疗方面张仲景不仅发展了《黄帝内经》的理论，突出了饮食的调养及预防作用，开创了药物与食物相结合治疗重病、急症的先例，而且记载了食疗的禁忌及应注意的饮食卫生。汉代以前虽有较丰富的药膳知识，但仍不系统，为我国药膳食疗学的理论奠基时期。
晋唐时期为药膳食疗学的形成阶段。这时的药膳理论有了长足的发展，出现了一些专门著述。晋代葛洪的《肘后备急方》、北魏崔洁的《食经》、梁代刘休的《食方》等著述对中国药膳理论的发展起到了承前启后的作用。唐代名医孙思邈在其所著的《备急千金要方》中设有“食治”专篇，至此食疗已开始成为专门学科，其中共收载药用食物164种，分为果实、菜蔬、谷米、鸟兽四大门类。
