琼脂糖凝胶的使用范围十分广泛，其通过糖链间次级链保持网状的结构，浓度取决于结构的疏密情况。因为琼脂糖凝胶结构稳定，在凝胶电时，不同性质数量的净电荷都影响颗粒分离，其用途很广。那么大家一起来了解一下琼脂糖凝胶电泳的作用以及琼脂糖凝胶电泳注意事项吧。
进行琼脂糖凝胶电泳时，选择合适的缓冲液是很重要，根据电泳后的应用常选用酸碱值中性的缓冲液，所以缓冲液中都带净负电荷向凝胶装置正极的方向偏移。由三羟甲基氨基甲烷和乙酸组成的缓冲液与琼脂糖发生相互作用，比TBE等缓冲液内产生的电渗透更低一些，不过其表面的孔径宽度相对大一点，电场的强度也相对较低一些。不过需要注意在切胶时，身体避免裸露过多，尤其小心不要被紫外线直接照射皮肤，条件允许的情况下尽量配戴防护眼镜，减少光线对眼睛的伤害。
琼脂糖凝胶电泳的作用要为其创作良好的运行环境，一般将装置内电压控制在为十到十符，注意是正负间距离，而不是凝胶长度。在电压过低的情况下，其迁移率会有所下降，并且条带会因扩散而变得更宽。而电压过高的时候，条带的分辨率会受凝胶过热的影响而降低。琼脂糖凝胶因为其孔径远远大于蛋白质，对大部分蛋白质而言它的分子筛效应可以忽略不计，所以被广泛应用于核酸的研究中。
总的来说，以琼脂或琼脂糖为支持的介质来进行电泳，如是分子量略大的大分子核酸类物质，大多可采用孔径略大的琼脂糖凝胶完成电泳分离。需要注意过大的DNA链，仅仅通过普通电泳或许无法跑出胶孔，容易造成缺带。另外，要注意，依据点样量来制备厚度匹配的琼脂糖凝胶板，并且熔胶一定要完全。
